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Il primo ad apparire alla vista è il tempio E, ricomposto nel 1957. Dedicato ad Hera, risale al V sec. a.C. ed aveva una pianta complessa. Vi si accedeva dal lato orientale attraverso alcuni gradini che conducevano, oltre il colonnato, al pronao, preceduto da due colonne delle quali non restano che i capitelli, a terra.
Dietro si trovava la cella sulla quale si apriva una piccola stanza segreta che accoglieva la statua della dea. Alle spalle si trovava l'opistodomo, identico al pronao. Il tempio segna il massimo apogeo dello stile dorico, quello che viene normalmente definito "dorico canonico" con periptero esastilo di 70,18X27,65 m. e cella doppiamente in antis con adito. Il fregio del pronao e dell'opistodomo era decorato con metope le cui parti nude (volti e braccia) sono realizzati in marmo di Paro ed inseriti nel tufo. Di queste, cinque si trovano nel Museo Archeologico Regionale di Palermo e raffigurano: le nozze fra Zeus ed Hera; Atteone sbranato dai cani davanti ad Artemide; Eracle in lotta contro Antiope; Atena che atterra il gigante Encelado, Apollo e Dafne.
L'identificazione delle divinità cui erano dedicati i templi resta un mistero, tranne per il Tempio E, che, per un'iscrizione trovata sul posto, sappiamo essere stato dedicato a Hera.