Ove son or le meraviglie tue O regno di Sicilia? Ove son quelle Chiare memorie, onde potevi altrui Mostrar per segni le grandezze antiche? (Dal Fazello - Storia di Sicilia, deca I,lib. VI,cap.I)

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La Catacomba di Santa Lucia è quella più antica, risale infatti al II secolo d.C. e si sviluppa a sud-ovest della soprastante chiesa di Santa Lucia al Sepolcro. Testimoniando la vitalità della comunità cristiana, è probabile che i primi fedeli abbiano voluto seppellire i propri cari nei pressi della tomba della più celebre martire siracusana, Lucia.
La catacomba sorse, infatti, intorno alla tomba della santa (il cui corpo, trasportato a Costantinopoli, fu poi trafugato dai Veneziani nel 1204, e collocato nella chiesa di S. Geremia). La costruzione nel XVII secolo della cappella ottagonale del Vermexio ha irreparabilmente sconvolto tutta l'area. Ulteriori danni sono stati provocati dalla realizzazione di rifugi antiaerei su tutta l'estensione del cimitero. Scavi recenti, iniziati nel 1952, ne hanno rivelato l'importanza e l'estensione, che ne fanno il complesso catacombale più importante e più vasto della Sicilia.
 Le gallerie si dipartono in tutte le direzioni a partire dalla tomba della santa. Sono state finora identificate quattro regioni (A, B, C, D), tre delle quali sufficientemente scavate, risultano a tutt'oggi collegate da gallerie, in buona parte modificate dall'U.N.P.A. (Unione Nazionale Protezione Antiaerea) durante l'ultimo conflitto mondiale.
Il nucleo più antico (regione A, la più settentrionale ) risale agli anni 220 - 230 e si articola su ben tre livelli, con uno schema di gallerie con loculi impilati alle pareti. Come tutte le catacombe più antiche, essa comprende strette gallerie, con numerose file di loculi sovrapposti. Non vi si trovano arcosoli, e sono anche scarse le pitture e le iscrizioni.
La regione A è costituita dalla rotonda A, dalle gallerie A e F, raccordate da una scala, e dall'oratorio H, destinato a perdere l'identità originaria in seguito alla creazione di una grande cisterna nel XV secolo.
Stessa sorte, qualche secolo dopo, sarebbe toccata al troncone meridionale della galleria F che, con tutta probabilità, originariamente proseguiva fino al sepolcro della santa, inglobato nella chiesa del Seicento
A sud della A, la regione B sembra immediatamente successiva, e ancora di epoca precostantiniana. Essa riutilizza un ramo di acquedotto di età classica. Si tratta anche in questo caso di un cimitero piuttosto povero, con una sola tomba di una certa ricchezza, appartenente, come mostra un'iscrizione, a una certa Castina, romana. Le pitture che la decoravano sono ora scomparse. 
La regione C, a ovest della precedente, è la più ampia e complessa. Essa è certamente postcostantiniana ed è stata probabilmente iniziata intorno al 350, riutilizzando un acquedotto e cisterne di età classica, e anche un sacello di età repubblicana. Comprende due gallerie orientate da nord a sud (A e B), comunicanti con altri bracci di galleria (C e D). Si vengono così a formare dei grandi pilastri risparmiati, nei quali furono ricavati dei loculi. Lungo i corridoi si aprono numerosi ambienti con loculi nelle pareti e fosse nei pavimenti. Il più notevole è il cosiddetto « Cubicolo del Buon Pastore », così denominato da una decorazione dipinta con tale soggetto.
Al margine meridionale di questa regione è stato scoperto il «Sacello Pagano» di età ellenistica ( II sec. a. C.)b, appartenente all'officina di un vasaio (come dimostra il materiale ceramico che riempiva alcuni ambienti adiacenti). L'officina sembra in attività tra il II e il I sec. a. C. Il sacello, evidentemente luogo di culto della corporazione, reca interessantissime pitture con divinità e scene di lavoro, del tutto simili a quelle scoperte a Delo.
La regione D è solo parzialmente esplorata. Essa sembra esser sorta intorno a un più antico ipogeo pagano a incinerazione.
L'uso del complesso cimiteriale si protrasse fino alla piena età bizantina e normanna con ampliamenti e modifiche quando i loculi, cubicola e zone con sepolture privilegiate si trasformarono in oratori aperti al culto dotati di un ciclo di affreschi.
La catacomba di S. Lucia, infatti, rappresenta uno dei pochi casi attestati a Siracusa in cui tre settori - regioni A, C e D -, riservati a sepolture importanti, vengono trasformati in aree di culto nel periodo successivo all'utilizzazione funeraria.
Si tratta de:
1) l'oratorio della regione A, il cosiddetto Trogloditico, trasformato in cisterna nel XV secolo, con la volta decorata da un affresco raffigurante i Quaranta Martiri di Sebaste e databile alla prima metà dell'VIII sec.,in piena età bizantina, l'unico settore oggi visitabile della catacomba;
2) l'oratorio ricavato nella regione C con affreschi palinsesti, rimasto aperto al culto almeno fino alla metà del XIII sec.;
3) ambiente della regione D.
Tra i tanti fattori di alterazione della struttura originaria del cimitero,  tre possono essere ritenuti i principali: 1) la creazione della basilica soprastante (VI o XII sec.?) e della chiesa del sepolcro di S. Lucia (XVII sec.), che hanno investito con tagli ed interventi demolitivi le regioni B, C e D della catacomba;
2) la realizzazione del sottopassaggio basilica-chiesa sepolcro (XVII sec.), che intercettò alcune diramazioni del livello superiore della regione A e interruppe la sua connessione con l'oratorio della regione C;
3) l'erezione del portico della basilica (XVIII sec.), che ha demolito alcune parti della regione C, trasformata in oratorio in età bizantina.
Le difficili condizioni statiche del complesso ipogeo hanno limitato la fruizione della catacomba, da parte del pubblico, unicamente alla regione A.